L'INSEI développe une stratégie de recherche axée sur l'éducation inclusive à travers le soutien aux chercheurs, le transfert de connaissances via outils et ressources pour les professionnels, et la conduite de projets internationaux. Ces actions s'inscrivent dans un cadre institutionnel adossé au Groupe de recherche sur le handicap et la Chaire UNESCO Handicap Éducation et Numérique.
Le Comité d’éthique de la recherche de l’INSEI – le CER-INSEI – a pour objectif de donner un avis éthique sur les recherches scientifiques impliquant l’INSEI et le Grhapes.